Un grande spazio all'interno di quella che ora viene denominata area del Porto Antico era un tempo occupato da importanti infrastrutture al servizio del porto della città capitale della Repubblica di Genova. Vi si trovava il Molo vecchio, la struttura portante dell'approdo, caratterizzato dalla presenza dei "noraxi", cioè le grosse colonne, di marmo o di pietra di Promontorio, a cui le navi legavano gli ormeggi; da un faro, più piccolo della grande Lanterna, che chiudeva invece il bacino ad occidente; da "cannoni", cioè tubature che portavano l'acqua alle navi ancorate.

Vi erano altresì numerosi piccoli pontili, ma specialmente ritroviamo nell'iconografia la presenza di tre bacini separati da piccoli moli: la Darsena delle barche o del vino, cioè l'approdo del commercio di cabotaggio; la Darsena delle galere, rifugio delle navi mercantili e da guerra; l'Arsenale o Darsinale, luogo di costruzione delle galere e di deposito del loro armamento. Essi furono costruiti, secondo la tradizione, utilizzando diecimila marchi d'argento del bottino di guerra ottenuto contro i Pisani nella battaglia della Meloria (1284), e successivamente circondati da torri merlate e da mura (1312). Per secoli questi spazi e gli edifici esistenti su di essi hanno identificato il lato tecnico operativo, in chiave marinaresca, dapprima, nel Medioevo, di una politica di espansione commerciale e militare finalizzata alla costruzione di un impero coloniale tra i più importanti del Mediterraneo; successivamente, in Età moderna, della difesa dei confini operativi conquistati, commerciali e finanziari questa volta, con la scelta della neutralità e le arti della diplomazia.

Alla caduta della Repubblica Genovese, nel 1797, la Darsena è completamente militarizzata e così rimane, dopo l'annessione al Regno Sardo, fin dopo la metà dell'Ottocento. Durante questo periodo è interrato lo spazio acqueo dell'Arsenale e viene costruito un bacino di carenaggio, per altro ancora oggi esistente, al posto dell'ex bacino delle barche. Bisogna attendere il 1870, con la cessione dal Governo al Comune, perché abbia inizio la trasformazione della Darsena in emporio commerciale.



Dopo l'acquisto della Darsena il Comune predispone infatti un progetto generale di sistemazione (1889) che prevede la costruzione di altri edifici a più piani ad uso magazzino accanto al Famagosta e al Galata, già parte dell'antico Arsenale: il primo costeggiava via Carlo Alberto (l'attuale via Gramsci); il secondo si affacciava sulla calata Ansaldo De Mari ed è stato per lungo tempo adibito a sezione di Deposito franco, utilizzando per la manodopera la Compagnia dei Caravana.

I nuovi "quartieri" (la denominazione deriva dall'antico Portofranco), anch'essi col nome delle antiche colonie genovesi ( Caffa, Metelino, Cembalo, Tabarca e Scio ) vengono terminati tra il 1895 e il 1898. Nel ventennio tra il 1879 ed il 1898, la Darsena è destinata, in tutto il suo coordinato complesso, al ricevimento, smistamento e immagazzinamento dei salumi in particolare e dei viveri in generale. Le merci provenivano dai porti nazionali, soprattutto dalla Sicilia e dalla Sardegna, e dai porti della Tunsia, dell'Algeria e del Portogallo; il baccalà arrivava direttamente dai luoghi di pesca e dai porti norvegesi, danesi, tedeschi, svedesi, islandesi. Al 1898 risale, come si è detto, la costruzione del quartiere Scio, il più grande, posto verso il mare, che utilizza, quale sedime del fronte longitudinale a settentrione, parte del molo cinquecentesco che delimitava il bacino dell'Arsenale. Sulla stessa linea di fronte mare il Cembalo, l'unico quartiere della Darsena servito da due gru di banchina atte allo sbarco delle merci a magazzino, adibito successivamente, nel 1916, a "frigorifero", con ventiquattro celle.